Un estupendo referente para el equipo de Muchachos FC
Jugó dos temporadas en Huracán, disputando 45 partidos y convirtiendo 10 goles. En 2003 fue transferido al Atlético de Rafaela, equipo con el que perdió el partido de promoción contra Huracán de Tres Arroyos al finalizar la Temporada 2003-04.
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Disputó con el club 22 partidos y convirtió 10 goles. Tras el descenso con Atlético de Rafaela, Emanuel regresa a jugar a Primera División, en esta ocasión con Rosario Central. Disputó dos temporadas en el equipo Canalla, jugando 45 partidos y convirtiendo 18 goles.
En 2006 es transferido al Atlas de la Primera División de México. Convirtió 15 goles en 31 partidos. Posteriormente ficha por Estudiantes Tecos de México, para el Clausura 2007; marcó 13 goles en 37 partidos.
Emanuel firma en la Premier League por el Derby County el 4 de enero de 2008 por 5.2 millones de dólares. Firmó un contrato por tres años y medio. Debutó con una derrota por 1-0 ante el Wigan Athletic.
El 2 de julio de 2009 firmó un contrato por 2 años y medio el Cruz Azul de México, que llegó a un acuerdo con el Derby County para ceder el pase internacional de Villa. El 24 de mayo de 2012, se convierte en el refuerzo del Club Universidad donde jugó 14 partidos y anotó 3 goles. Su estancia se caracterizó por una baja de juego que, aunado al mal paso del equipo, lo llevó a la banca. Su salida se debió a la inconformidad con dicha situación.
El 15 de noviembre de 2012, después de una mala temporada con Pumas, firmó con Tigres. El 5 de enero de 2013, Villa hizo su debut oficial en la liga con Tigres contra Chiapas anotando un hat trick en el Estadio Universitario.
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El 29 de diciembre de 2014, Querétaro anunció que llegaron a un acuerdo con el jugador para firmarlo en un contrato de dos años con la opción de uno más al final de la perspectiva. Con los Gallos Blancos disputó los torneos Clausura 2015, Apertura 2015 y Clausura 2016. Anotando 20 goles en liga y 6 goles en la Liga de Campeones.